『명탐정 코난 66』꼬마 명탐정 에도가와 코난. 그러나 그의 진짜 정체는 고교생 명탐정 쿠도 신이치. 의문의 독약을 강제로 먹여 자신을 아이로 만들어버린 검은 조직에 과한 단서를 쫓으며 숱한 난제 사건들을 해결 중이다. 야마토 칸스케 경위의 요청을 받고, 피로 물든 붉은 벽 살인사건의 수수께끼에...