김전일 뺨치는 명석함을 지닌 고등학생 탐정 구도 신이치, 그러나 어느날 범죄조직을 추적하던 그는 이상한 약을 먹고 하루아침 새에 8살짜리 꼬마의 몸으로 줄어들고 만다. 여자친구인 란에게 조차 비밀을 털어놓지 못하고 꼬마 코난 행세를 하게된 신이치, 그러나 타고난 명석함과 불타는 정의감까지 사라진...