이 세계를 지배하는 전설의 포켓몬 기라티나는 디아루가를 반전세계로 납치하여 공격한다. 감사 포켓몬 쉐이미는 덩달아 반전 세계로 끌려가고 만다. 한편 포켓몬 마스터가 되기 위해 여행 중인 지우와 친구들은 우연히 쉐이미를 만나게 되고, 꽃밭에 쉐이미를 데려다 주기로 하는데, 기라티나를 이용하여...